فصل پنجم:ساختار سازمانی مالیات بر ارزش افزوده، وظایف و اختیارات آن
ماده ۲۳‌
ساختار و تشکیلات مورد نیاز سازمان در سطح کشور و استان‌ها متناسب با شرایط اقتصادی هر منطقه و با توجه به شاخصهایی مانند میزان وصول مالیات، تعداد پرونده‌ها و تعداد مؤدیان بدون الزام به رعایت سطح تقسیمات کشوری با رعایت بند «الف» ماده ‌(۲۸) قانون برنامه ششم توسعه از طریق وزیر امور اقتصادی و دارایی به سازمان اداری و استخدامی کشور پیشنهاد و پس از تصویب هیأت وزیران قابل اجراء است.
ماده ۲۴
پس از استقرار سامانه مؤدیان، فعال بودن کارپوشه مؤدی در سامانه مزبور به این معنی است که او از نظر سازمان، شرایط لازم برای دریافت مالیات و عوارض از خریداران را دارد. در صورتی که مؤدی شرایط لازم برای دریافت مالیات و عوارض را از دست بدهد، سازمان موظف است بلافاصله کارپوشه وی را در سامانه مؤدیان غیرفعال نماید. بانک مرکزی موظف است ترتیبی اتخاذ کند که به‌محض غیرفعال شدن کارپوشه مؤدی در سامانه مؤدیان، کلیه دستگاههای پایانه فروشگاهی (pos) مرتبط با آن، غیرفعال شوند.
تبصره ‌- غیرفعال نمودن کارپوشه مؤدی باید مستند به آیین‌نامه‌ای باشد که حداکثر ظرف سه‌ماه پس از ابلاغ این قانون، با پیشنهاد سازمان به‌تصویب هیأت وزیران می‌رسد.
ماده ۲۵‌
بند الف
مواد ‏‏(۱۶۱)، (۱۶۲)، (۱۶۷)، (۱۶۹مکرر)، (۱۷۱)، تبصره (۱) ماده ‌(۱۷۷)، (۱۷۸)، (۱۸۲)، ‏‏(۱۸۶) و تبصره (۱) آن، (۱۹۱)، (۱۹۸)، (۲۰۲)، احکام مربوط به فصل هشتم باب چهارم و مواد (۲۱۰) تا (۲۱۶)، (۲۱۸)، (۲۱۹)، (۲۳۱)، (۲۳۲)، (۲۳۵)، (۲۴۲)، (۲۴۳)، احکام مربوط به فصل سوم باب پنجم، مواد (۲۵۷)، (۲۷۴) منهای بند (۳) آن، (۲۷۵)، (۲۷۶)، (۲۷۷) و (۲۷۹) قانون ‏مالیات‌های مستقیم در مورد این ‏قانون جاری است. احکام مربوط به درآمد مشمول مالیات در مواد فوق، در مورد محاسبه مأخذ مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است. احکام فصل سوم باب پنجم قانون مالیات‌های مستقیم در خصوص مواد (۲۹) و (۳۲) این قانون جاری نمی‌باشد.
تبصره ۱- شناسایی، تشخیص درآمد مشمول مالیات و رسیدگی موضوع ماده ‌(۲۱۹) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مؤدیان قابل اعتماد موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان جاری نمی‌باشد. این حکم شامل مواردی که سازمان براساس ماده ‌(۱۴) این قانون و تبصره (۱) ماده ‌(۱۹) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان اجازه رسیدگی به اظهارنامه‌های مالیاتی مؤدیان را دارد، نمی‌باشد. در هر صورت مفاد ماده (۲۱۹) قانون مالیات‌های مستقیم نباید مانع اجرای احکام موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان شود
تبصره ۲- در خصوص مؤدیان عضو سامانه مؤدیان، سازمان مکلف است اوراق ابلاغ شده به مؤدی را در کارپوشه وی نیز بارگذاری نماید.
تبصره ۳- به منظور رسیدگی به پرونده‌های قابل طرح این قانون در شورای‌عالی مالیاتی، تعداد شعب شورای مذکور به دو برابر افزایش می‌یابد.
بند ب
در صورت عدم عضویت مؤدیان در سامانه مؤدیان مواد (۹۷)، (۱۶۹)، (۱۸۱)، (۲۳۰) و بند (۳) ماده ‌(۲۷۴) قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مالیات‌های این قانون، جاری است.
تبصره:ماده ‌(۲۷۲) قانون مالیات‌های مستقیم و تبصره ‌های آن تا قبل از اتمام مهلت مقرر در ماده ‌(۳) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، در مورد مالیات‌های این قانون جاری است.

فصل پنجم:ساختار سازمانی مالیات بر ارزش افزوده ، وظایف و اختیارات آن